El municipio de Axapusco se localiza en la parte noreste del estado, en las coordenadas 98º47'50" longitud oeste y 19º43'10" latitud norte, a una altura de la cabecera municipal sobre el nivel del mar, de 2,350 metros. Limita al norte con el Estado de Hidalgo y el municipio de Nopaltepec; al sur con el municipio de Otumba; al este, con el Estado de Hidalgo y al oeste, con los municipios de Temascalapa y San Martín de las Pirámides. Su distancia aproximada con la capital del estado es de 130 kilómetros.
EXTENSIÓN: Posee una extensión territorial de 230.94 kilómetros cuadrados, representando el 1.16% de la superficie total del estado.
OROGRAFÍA: Está constituido por lomeríos con una inclinación de este a oeste, y por pequeños cerros entre los que hay llanuras, destacan los cerros del Tepayotl, el Tlacoyo, Jaltepec y el de las campanas o Halayote, siendo el primero el más alto con aproximadamente 2,900 metros sobre el nivel del mar.
HIDROGRAFÍA: No existen mantos acuíferos superficiales y sólo en tiempos de lluvia corre agua en las barrancas del municipio, destacando que el arroyo El Papalote, es el de mayor cauce, inundando en ocasiones los terrenos bajos de Guadalupe Relinas.
Lo antes dicho fue motivo para que desde la época antigua del municipio existan muchos jagüeyes, bordos y presas, donde se colecta el agua para consumo de los animales ahora; pero antes que no existían las redes de agua potable, de ahí se surtían todos los pobladores.
CLIMA: Se tiene un clima templado subhúmedo, excepto los meses de diciembre a marzo en que el clima es templado semifrío. La temperatura oscila entre los 10° y 32° Celsius, siendo los meses de mayo, junio y julio los más calurosos, mientras que diciembre, enero y febrero los más fríos. Los meses más lluviosos son: julio y agosto, con un rango de entre 110 y 120 milímetros de lluvia. La humedad mayor corresponde a los días más lluviosos que son aproximadamente 75.
La temporada de heladas inicia a finales del mes de septiembre y principios de octubre, siendo las más intensas en los meses de enero y febrero. Los vientos más fuertes se presentan los meses de febrero a junio con una dirección de oriente a poniente, causando grandes tolvaneras en toda la región.
PRINCIPALES ECOSISTEMAS
Flora
La vegetación es sobre todo de chaparrales y árboles medianos como el pirul, destacando sobre todo las cactáceas y los magueyes; el área boscosa se encuentra en los terrenos de agostadero del cerro Tepayotl, donde se encuentran pinos, cedro y encinos, en pequeña cantidad, debido a la sobre explotación y al pastoreo intensivo.
Fauna
La fauna está comprendida por las especies que habitan todo el valle de México y es relativamente escasa; debido a la intensa deforestación y la escasez de mantos acuíferos superficiales, siendo la más abundante: el conejo, liebre, coyote, zorrillo, ardilla, cacomixtle y algunas víboras de cascabel y cencuates.
RECURSOS NATURALES: Existen dentro del municipio algunos bancos de recursos minerales como: arena, cascajo (rojo) y piedra, pero sin tener una gran importancia, debido a que sólo son de uso comunal.
CARACTERÍSTICAS Y USO DE SUELO: Pertenece todo el territorio al valle de México, que es una depresión, durante el período plioceno (último de la era terciaria), estuvo ocupado por un mar interior, y para la época cuaternaria, se había sedimentado; los suelos de la zona se clasifican en: cambizol, eutrico y foezem háplico. El 50.06% del territorio municipal es agrícola y se utiliza para la siembra de cultivos de temporal; un 22.10% es de uso pecuario; un 21.82% es para uso forestal y pastoreo como zonas de agostadero y solo un 4.60% es de uso urbano, donde están los pueblos del municipio.